Każdy użytkownik palmtopa musi opanować sztukę obsługi pamięci urządzenia. Aby móc wygodnie sprawdzić jej obciążenie i listę uruchomionych aplikacji, potrzebne jest dodatkowe oprogramowanie. Pamięć Pocket PC składa się z dwóch części, a mianowicie RAM-u i ROM-u. RAM jest używany do wykonywania operacji, w ROM-ie są przechowywane programy i ustawienia oraz system operacyjny. Używając palmtopa, trzeba kontrolować, w jakim stopniu ROM, RAM i karta pamięci są zapełnione. Gdy ROM i karta są w pełni zajęte, nie można dodawać kolejnych plików i instalować aplikacji. Pamięć RAM wypełnia się w miarę uruchamiania kolejnych programów. Dodatkowo trzeba pamiętać, że w niektórych systemach operacyjnych zamknięcie okna aplikacji nie powoduje zakończenia jej pracy. Dana aplikacja działa w tle, zajmując RAM. Aby dobrze zarządzać pamięcią, potrzebna jest aplikacja, która wyświetli na pulpicie informacje o wolnym miejscu oraz pozwoli szybko zamknąć zbędne programy.